Novalja vznikla ako prístav neďalekého mesta Cissy, ktoré bolo zničené zemetrasením v 4. storočí. Odtiaľ pochádza aj názov Novalja - latinsky Novalis, čo znamená prístav. Cissa, ktorej história je neoddeliteľná od dejín Novalji, stála v západnej časti pažského zálivu. Po príchode Rimanov na ostrov získala Cissa vlastný štatút a miestnu samosprávu, takže sa stala mestom podľa všetkých pravidiel. Veľký počet historikov považuje Novalju a Cissu za jedno mesto, čiže že sa pod názvom Cissa rozumie aj súčasná Novalja. Do 6. storočí bola Cissa, a teda aj Novalja, hospodárskym, náboženským a obchodným strediskom ostrova Pag. Do tej doby sa aj celému ostrovu hovorilo Cissa. Pred príchodom Chorvátov v oblasti Novalji sídlilo románske obyvateľstvo, ktoré však bolo čoskoro potlačené.
Novalja si až do roku 1203 zachovala svoj význam strategického jadranského prístavu a ústredného ostrovného mesta. Avšak toho istého roku križiaci úplne zborili a zničili Cissu, a tým zastavili rozvoj tiež Novalji. Novalja nebola ušetrená ani následkov ťažkých bojov medzi Rabom a Zadarom. Zadarané sa snažili pokoriť Pag a Rabané Novalju. Novalja, podobne ako aj ďalšie ostrovné mestá, bola príliš slabá na priamu účasť v týchto ťažkých bojoch, a tak jej obyvateľstvo mohlo len prihliadať na udalosti a trpieť následky. Keď bola v 15. storočí nastolená moc Benátskej republiky, bol ostrov prvýkrát administratívne rozdelený na dve časti. Novalja pripadla Rabu, čiže Rabskému arcibiskupstvu, zatiaľ čo Pag pripadol arcibiskupstvu zadarskému. Aj cez toto rozdelenie bol v 19. storočí na celom ostrove vytvorený jeden administratívny celok, z ktorého bol vyčlenený len výbežok, na ktorom sa nachádza Lun. Lun pripadol obci Rab.
Novaljané si vždy priali vlastnú autonómiu, samosprávu vo svojej oblasti. Obyvateľstvo Novalji po desaťročia vyvíjalo obrovské úsilie, aby Novalja dosiahla toho, že bude disponovať svojimi peniazmi, a tieto snahy mali za následok založenie obce Novalja v roku 1924. Ale v roku 1954 nové štátne usporiadanie odobralo Novalji štatút samostatnej obce a Novalja sa stala súčasťou obce Pag. Od tej doby až do oddelenia ostrova od obce Pag v roku 1993 mala Novalja štatút miestneho výboru. Keď Chorvátsky snem v roku 1993 rozhodol o založení obce Novalja, do hraníc nové správne jednotky sa okrem Novalji dostali aj miesta Lun, Jakišnica, Stara Novalja, Kustići, Zubovići, Metajna, Caska a Pajac.
Najsvetlejší moment v administratívnom rozvoji Novalji sa stal v januári roku 1997. Vtedy Chorvátsky snem priniesol rozhodnutie, ktorým Novalja získala štatút mesta. Bolo to zavŕšenie stáročného úsilia Novaljanů o dosiahnutie vlastnej samosprávy, štatútu, ktorý si po stovky rokov prialo mnoho pokolení.
V oblasti mesta Novalja žije na rozlohe 93,3 km2 3339 obyvateľov, z toho je 95,6% Chorvátov, rímskych katolíkov s dvoma farami - Novaljou a Lunem.
Mesto Novalja správne zahŕňa tieto obce:
V Novalji sa intenzívne stavalo už v antike za Rimanov. Obzvlášť veľký počet sakrálnych stavieb bol vybudovaný v období raného kresťanstva, kedy Novalja bola strediskom ostrovného náboženského života a určitú dobu aj sídlom biskupstva. Cissa je názov mesta, ktoré kedysi stálo v súčasnej zátoke Caska a ktoré sa po zemetrasení v 4. storočí prepadlo do mora. Pozostatky Cissy dodnes leží na dne mora a archeológovia tu objavili i podlahovú mozaiku rímskeho domu. V Cisse bol objavený aj vodovod, ktorý je možné podľa slov akademika M. Suiće porovnávať aj so starým rímskym vodovodom. Obyvatelia objavili náhrobné kamene, zvyšky ciest a pevnosťou. Veľký počet nálezov z okolia niekdajšej Cissy sa opatruje v archeologickej zbierke v Novalji.
"Talijanova buža" (Talianova diera) je názov časti rímskeho vodovodu. Zaujímavosťou tohto vodovodu je spôsob jeho výstavby. Bol totiž prerazený v skale a je tak vysoký, že ním pohodlne prejde priemerne veľký človek. Talijanova buža je súčasťou vodovodného systému, ktorý viedol z Kolanu do Cissy.